أنشئت كلية الهندسة والبترول كأول كليات جامعة حضرموت للعلوم والتكنولوجيا في الفصل الثاني للعام الجامعي 1995-1996م, وتم افتتاحها رسمياً في 19 رمضان 1416 هـ الموافق 8 فبراير 1996م وبثلاثة تخصصات وهي قسم الهندسة الكيميائية والبترول , قسم الهندسة المعمارية والتخطيط البيئي وقسم علوم الحاسوب وبنحو 100 طالب وطالبة, بعد إدخال بعض الترميمات على المبنى المخصص للكلية بمنطقة فوة. وفي العام الدراسي 1996-1997م أضيف قسم الهندسة الإلكترونية والاتصالات بمساعدة المجلس البريطاني بمختبرين اثنين في الالكترونيات والاتصالات وبنحو 46 طالباً وطالبة ليكون الإجمالي الكلي لطلاب الكلية 146 طالباً وطالبة. وانتظمت الدراسة بهذه الأقسام العلمية بمساعدة نخبة من أعضاء هيئة التدريس اليمنية وغير اليمنية من الجامعات السودانية، العراقية، الليبية، الجزائرية والمصرية.

ابتداءً من العام الجامعي 2005-2006م تم استحداث تخصصات جديدة في المجال الهندسي مثل هندسة الحاسوب بدلاً عن علوم الحاسوب والهندسة المدنية بالإضافة إلى التخصصات السابقة بعد أن انتقلت الكلية من مجمع الكليات بفوة إلى المدينة الجامعية الجديدة بمنطقة فلك وجهزت مختبرات الكلية بالأجهزة الحديثة والمتطورة.

وتحصلت الكلية في العام 2010م على دعم من البنك الدولي بناءً على ملف قسم الهندسة الكيميائية في إطار دعم برامج الاعتماد والجودة الأكاديمية في الجامعات اليمنية الحكومية. وسيعمم هذا البرنامج عند نجاحه على بقية أقسام الكلية، بهدف الجودة والتطوير وحتى تستطيع الكلية الحصول على شهادات الاعتماد الأكاديمي على المستوى الوطني والدولي.  

بنيت الكلية في مقرها الحالي باعتماد حكومي كامل وبتمويل من البنك الإسلامي. وجهزت معظم مبانيها وأثثت بتمويل حكومي كذلك. بيد أن للهيئات الشعبية واللجان الأهلية ورجال الأعمال اليمنيين أدوار ومواقف مشرفة منذ التأسيس ومنها:

1. غرفة تجارة وصناعة حضرموت .
2. المؤسسة العامة للإنشاءات ـ فرع حضرموت.
3. اللجان الشعبية لجمع التبرعات في الداخل والمهجر.
4. جمعية حضرموت الخيرية في صنعاء وفي عدن.

كلية الهندسة والبترول أصبحت تحتضن أعداداً كثيرة من الطلاب، إذ تحتضن الكلية حاليا نحو 2500 طالب في مختلف التخصصات. إلا أنه و كنتيجة حتمية و متطلب أساسي للحصول على الاعتماد الاكاديمي، اصبح من الضروره بمكان اجراء دراسة تقييم ذاتي لبرامج الكلية الاكاديمية و فق معايير و إجراءات تساعد على تحليل الوضع الراهن للكلية و تحديد مواطن القوة والضعف حتى يصبح بالامكان رسم الخطط الإستراتيجية المستقبلية لتطوير الكلية. وفي هذا الصدد نود بكل امتنان ان نشكر مؤسسة حضرموت للتنمية و مجلس أمناء جامعة حضرموت على استشعارهم لاهمية تطوير اداء كلية الهندسة و البترول.