أنشئت الأمانة العامة بجامعة حضرموت بالتزامن مع انشاء جامعة حضرموت في عام 1993م وتنفذ الأمانة العامة سياسة الجامعة المالية والإدارية والمحددة بتوفير الكادر المؤهل القادر على تسيير الأمور الإدارية والمالية بما يضمن حقوق الأفراد المنتسبين للجامعة خلال فتره عملهم في الجامعة وفقاً والقوانين الحكومية المنظمة لذلك تعقد الأمانة العامة الدورات التدريبية لتأهيل الكادر الإداري بالتنسيق مع خبراء في المجال الإداري والمالي لرفع مستوى الكفاءة عند الموظف ورفع فعالية العمل والجودة.
كما تقوم الأمانة ممثلة بالإدارات المتخصصة بإعداد الموازنات المالية للجامعة وتقديمها للحكومة ومناقشتها مع وزارة المالية بما يضمن تثبيت حقوق منتسبيها وضمان وضع المبالغ الكافية للنفقات التشغيلية بما يخدم سير العملية التعليمية.