وبالرغم من الصعوبات المالية التي واجهتها المستشفى الجامعي في السنوات التالية للافتتاحها و التي كان مصدرها عدم توفر الموازنة التشغيلية اللازمة لمواكبة الطلب المتزايد على الرعاية الصحية التي تقدمها المستشفى ، إضافة إلى ما تحتاجه عمليات التحديث و التطوير من اعتمادات مالية ،إلا إن ذلك لم يحول دون تقديم المزيد من الخدمات الطبية و تحسين نوعيتها ، حيث كان التعاون بين إدارة المستشفى و قيادة الجامعة مفتاح النجاح لتخطي الكثير من تلك الصعوبات .
وقد شهد نهاية العام 2013م ضم وحدة القسطرة القلبية إلى إدارة المستشفى الجامعي ، كما شهد مطلع العام 2014م افتتاح قسم الوضع .  وفي شهر مارس من العام 2016م تم إعادة تحديث و هيكلة قسم الوضع الذي توقف في الاشهر الأخيرة من العام 2014م بسبب مشاكل مالية . وهو الان يعمل بفاعلية عالية و بنظام 24ساعة وعلى مدار الاسبوع .