تم تشكيل لجنة تحضيرية بهدف دراسة إمكانية إنشاء كلية طب بجامعة حضرموت وقد ارتأت اللجنة إمكانية البدء بالدراسة ابتداءً من العام الأكاديمي 1997/1998م وبالفعل استقبلت الكلية الدفعة الأولى في سبتمبر 1997م وبدأت الدراسة منذ ذلك التاريخ وقد تخرجت الدفعة الاولى في شهر أغسطس 2003م ثم توالى تخريج الدفعات بالكلية . وقد تم بعد ذلك افتتاح برنامجين أكاديميين بالكلية , هما برنامجا دكتور صيدلة في عام 2012 , والمختبرات الطبية في عام 2013 ويمنح الخريجون شهادة البكالوريوس في ثلاث تخصصات:

1. الطب العام والجراحة
2. الصيدلة
3. المختبرات الطبية